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一、定义的不同：
边检就是边防检查的简称，边防检查是指对出入国境人员的护照、证件、签证、出入境登记卡、出入境人员携带的行李物品和财物的检查。交通运输工具及其运载的货物等的检查和监护, 以及对出入国境上下交通运输工具的人员的管理和违反规章行为的处理等。
海关，是对出入国境的一切商品和物品进行监督、检查并照章征收关税的国家机关。
二、职能的不同：
边检是对出境、入境的人员及其行李物品、交通运输工具及其载运的货物实施边防检查;
边检有权按照国家有关规定对出境、入境的交通运输工具进行监护;
边检是对口岸的限定区域进行警戒，维护出境、入境秩序。
边检要执行主管机关赋予的和其他法律、行政法规规定的任务。
海关有进出境监管的职能
海关有查缉走私职能
海关有编制统计的职能
海关有征税的职能
三、海关的权利有哪些？
根据《海关法》及有关法律法规的规定，海关在执行职务过程中，可以行使以下权力:
检查权
除法律另有规定的以外，在海关监管区检查进出境运输工具;在海关监管区和海关附近沿海沿边规定地区，检查有走私嫌疑的运输工具和有藏匿走私货物、物品的场所，检查走私嫌疑人的身体，检查与进出口活动有关的生产经营情况和货物。
查阅、复制权
查阅、复制进出境人员的证件，查阅、复制与进出境运输工具、货物、物品有关的合同、发票、帐册、单据、记录、文件、业务函电、录音录像制品和其他的有关资料。
查问权
查问违反《海关法》或相关法律法规的嫌疑人。
查验权
查验进出境货物、个人携带进出境的行李物品、邮寄进出境的物品。
查询权
查询被稽查人在商业银行或者其他金融机构的存款帐户。
稽查权
稽查企业进出境活动及进出口货物有关的账务、记账凭证、单证资料等。
扣留权
扣留违反《海关法》的进出境运输工具、货物和物品及与之有关的合同、发票、帐册、单据、记录、文件、业务函电、录音录像制品和其它资料。扣留走私罪嫌疑人，时间一般不超过24小时，特殊情况可延长至48小时。
连续追缉权
对违抗海关监管逃逸的进出境运输工具或个人连续追至海关监管区和海关附近沿海沿边规定地区以外，将其带回处理。
行政处罚权
对尚未构成走私罪的违法当事人处以行政处罚。包括对走私货物、物品及违法所得处以没收，对有走私行为和违反海关监管规定行为的当事人处以罚款，对有违法情事的报关企业和报关员处以暂停或取消报关资格。
佩带和使用武器权
海关为履行职责，可以依法佩带武器，海关工作人员在履行职责时可使用武器。
强制执行权
是在有关当事人不依法履行义务的前提下，为实现海关的有效行政管理，按照法定程序，采取法定的强制手段，迫使当事人履行法定义务。海关的强制执行权包括强制扣税、强制履行海关处罚决定等。
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